Nejvýznamnějším orgánem SÚJV je Výbor zplnomocněných představitelů členských zemí, který volí ředitele SÚJV, schvaluje rozpočet a statut SÚJV. Zplnomocněným představitelem vlády ČR v SÚJV Dubna byl od 1. března 2019 jmenován RNDr. Marek Vyšinka, Ph.D. z odboru výzkumu a vývoje MŠMT.

Odborným poradním orgánem ministra školství, mládeže a tělovýchovy je Výbor pro spolupráci České republiky se Spojeným ústavem jaderných výzkumů statut. Gestorem členství ČR v mezinárodní organizaci výzkumu a vývoje SÚJV je Ministerstvo školství, mládeže a tělovýchovy.

Důležité role ve vědeckých kolektivech SÚJV zastávají i další čeští vědci a inženýři. Od roku 2006 je zástupcem ředitele Ústavu Richard Lednický, promovaný fyzik DrSc. dr. h. c., který je také členem jeho Vědecko-technické rady. Ve Vědecké radě Ústavu Českou republiku zastupují prof. Ing. Ivan Wilhelm, CSc. a Ing. Stanislav Pospíšil, DrSc., našimi zástupci v Programově-konzultačních výborech jsou Mgr. Petr Závada, CSc., DSc. (Výbor pro částicovou fyziku), Ivan Štekl, doc. Ing. CSc. (Výbor pro jadernou fyziku) a RNDr. P. Mikula, DrSc. (Výbor pro fyziku kondenzovaných látek). Ve Finančním výboru SÚJV je představitelem České republiky Ing. Mgr. František Rod a funkci zástupce ředitele Laboratoře jaderných problémů zastává český vědec Alois Kovalík, Ing. DrSc. 

 

Členové Výboru pro spolupráci České republiky s SÚJV (abecedně):

doc. RNDr. Bártová Eva, Ph.D. (BFÚ AV ČR)
prof. RNDr. Burdík Čestmír, DrSc. (FJFI ČVUT v Praze)
Ing. Davídková Marie, CSc. (ÚJF AV ČR)
Ing. Dobeš Jan, CSc. (ÚJF AV ČR, předseda Výboru)
Mgr. Fajmonová Markéta (MZV ČR)
RNDr. Hedbávný Pavel, CSc. (Česká vakuová společnost)
Ing. Chudoba Vratislav, Ph.D. (vedoucí skupiny českých pracovníků v SÚJV)
doc. Ing. Jančík Petr, Ph.D. (FMT VŠB-TUO)
Ing. Janošec Jiří, Ph.D. (TC AV ČR)
RNDr. Jirák Zdeněk, CSc. (FZÚ AV ČR)
doc. Ing. Katovský Karel, Ph.D. (FEKT VUT v Brně)
Ing. Mgr. Rod František (MF ČR)
prof. RNDr. Kvasil Jan, DrSc. (MFF UK)
prof. RNDr. Leitner Rupert, DrSc. (předseda Výboru pro spolupráci ČR s CERN)
PhDr. Lídl Václav (MPO ČR)
Mgr. Martanovič Tomáš (MPO ČR)
prof. RNDr. Mašláň Miroslav, CSc. (PřF UP v Olomouci)
Ing. Pospíšil Stanislav, DrSc. (člen Vědecké rady SÚJV)
prof. Ing. Vratislav Stanislav, CSc. (FJFI ČVUT v Praze)
doc. Ing. Škoda Radek, Ph.D. (FEL ZČU v Plzni)
doc. Ing. Štekl Ivan, CSc. (ÚTEF ČVUT, místopředseda Výbotu)
RNDr. Tursunov Arman, Ph.D. (FPF SLU v Opavě)
RNDr. Vyšinka Marek, Ph.D.(zplmomocněný představitel vlády ČR v SÚJV)
RNDr. Wagner Vladimír, CSc. (ÚJF AV ČR)
prof. Ing. Wilhelm Ivan, CSc. (člen Vědecké rady SÚJV)